El monitoreo de sistemas acuáticos, se realizan análisis de los principales componentes de la cadena trófica del sistema acuático: Fitobentos, Zooplancton y demás factores relacionados. Determinando así, cada comunidad, su composición específica, abundancia entre otros. 

Una de las principales fortalezas del CEH es la caracterización de macroinvertebrados como bioindicadores de la calidad de agua de ecosistemas acuáticos.