El CEH ha consolidado una base de datos que cuenta con aproximadamente 797 lotes de macroinvertebrados acuáticos, de los cuales 457 se encuentran categorizados y 340 están en determinación. El material colectado proveniene de diferentes cuerpos de agua lóticos y lénticos como los ríos Teusacá, Neusa, Ubaté, Lenguazaque, Checua, San Francisco, río Frío; los Humedales Gualí-Tres Esquinas, Techo, Jaboque y la Laguna de Fúquene.

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El registro de ejemplares comenzó en el año 2009, con el objetivo de determinar la calidad del agua y a su vez contribuir en el conocimiento de la biodiversidad; siendo administrada por el profesor Ciromar Lemus Portillo, curador de la colección y la Ingeniera Kelly Johana León.

Actualmente, la colección se encuentra en un proceso de renovación de especímenes, a fin de ser una colección acreditada y certificada a nivel nacional.